で、いろいろ試した結果、EmEditor+GoogleIMEが原因。
Windows7はoffice入ってないのでIME2010がインストールできなかったのでMSIMEデフォなので、GoogleIME(サジェストぶったぎり)で使用していたのですが、これが原因でちらつきが発生することを確認。EmEditor+MSIMEではちらつかず、メモ帳+GoogleIME or MSIMEでもちらつきは発生しなかったので、EmEditor+GoogleIMEだけで発生する問題ということになりました。こりゃ困った。